양식시스템 실험실에서는 산업적으로 유용한 양식생물을 고밀도로 사육할 수 있는 다양한 시스템과 장치들을 수리학적인 이론을 바탕으로 고안/설계하고 실제 적용하는데 필요한 기술을 연구한다. 특히 환경친화적인 순환여과 시스템 및 바이오플락 시스템과 같은 폐쇄식 육상 양식 시스템에 대한 연구와 이에 필요한 사육 관리 기술 개발에 중점을 두고 있다. 이러한 환경친화적이면서 고밀도로 양식생물을 생산할 수 있는 시스템들을 효과적으로 설계하고 운전할 수 있도록 시스템 내 물질/에너지 역동학을 기반으로 수처리 공정개발, 수질환경제어 기술, 수질 모니터링 기법에 대한 연구도 진행하고 있다. 최종적으로 양식 생산 활동을 통해 환경을 오염시킬 우려가 있는 양식 배출수를 최소화하고 양식생물의 대사산물을 농축/회수하여 재이용하는 다양한 연구를 수행하고 있다